部分。
其中悼念广场内有外形如十字架，上部刻南京大屠杀事件发生的时间的标志碑、“倒下的300000人”的抽象雕塑、“古城的灾难”大型组合雕塑及和平鸽等部分组成。
祭奠广场有刻有馆名的纪念石壁、郁郁葱葱的松柏和用中英日三国文字镌刻的“遇难者300000”的石壁。
墓地广场有鹅卵石、枯树和沿院断垣残壁上的三组大型灰色石刻浮雕及院内道路两旁的17块小型碑雕，部分地记载着南京大屠杀的主要遗址、史实，这是全市各处集体屠杀所立遇难者纪念碑缩影和集中陈列，还有大型石雕母亲像、遇难者名单墙、赎罪碑、绿树、草坪等诸多景观，构成了生与死、悲与愤为主题的纪念性墓地的凄惨景象。
遗骨陈列有外形为棺椁状的遗骨陈列室，这里陈列着该馆1985年建馆时，从纪念馆所在地的江东门“万人坑”中挖出的部分遇难者遗骨。
1998年4月以后，又从该馆所在地的江东门“万人坑”内新发掘出208具遇难者遗骨（表层土层中），这批万人坑遗骨经过法医学、医学、考古学、历史学者的严格鉴定，被确认为南京大屠杀遇难者遗骨，是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证。
呈墓穴形状且半地下的史料陈列大厅内陈列着1000余件珍贵的历史照片、文物、图表和见证资料，并配有中、英、日文字说明。
采用灯箱、沙盘、泥塑、油画、复原景观、多媒体触摸屏、电视和电影（厅内近200座位的电影放映厅全天用中、日、英三种文版循环放映日军南京大屠杀暴行史料纪录片）等多种陈列手段，再现南京大屠杀的悲惨历史，揭露倭国军国主义者的血腥暴行。
此外，该馆院内还有约翰-拉贝日记资料展览和东史郎日记案资料展。
这两个展览用大量珍贵的史料、照片，分别从一个德国人当年在南京所记录的日军暴行和一个曾参加南京大屠杀的日军士兵所记的日军暴行史实，再次真实具体地向人们展示了日
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