鸣先后任司令。
1913年至1927年，这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。
军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人。
1927年4月南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公。
1928年10月，国民政府实行“五院制”，辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处。
至1937年11月，谭延闿、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延闿、宋子文、蒋介石、陈铭枢（代理）、孙科、汪精卫先后任行政院长；李济深、何应钦、朱培德、蒋介石、程潜先后任总参谋长；陈其采为主计长。
1937年12月南京沦陷后，国民政府先后成为日军第16师团部和伪维新政府行政院，以及汪伪政府的立法院、监察院和考试院；国府东院成为伪交通部、铁道部等机构；国府西院成为伪军事参议院。
1946年5月，国民政府“还都”南京后，这里仍为国民政府所在地。
东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部。
1948年5月20日，蒋介石、李宗仁在“行宪国大”分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府。
1949年4月23日南京解放，24日，中国人民解放军占领总统府。
从此，揭开了中国历史新的一页。
南京解放后的近50年中，总统府一直作为机关的办公场所。
自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建南京中国近代史遗址博物馆。
经过精心的规划和五年的建设
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